കേരളത്തിന്റെ ഭരണനിര്‍വ്വഹണം ഗവര്‍ണര്‍ നേരിട്ടോ അദ്ദേഹത്തിന് കീഴിലുള്ള ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ മുഖേനയോ അണ് നിര്‍വഹിക്കുന്നത്. ഗവര്‍ണറുടെ ചുമതലകളില്‍ അദ്ദേഹത്തെ സഹായിക്കാനും ഉപദേശിക്കാനുമായി മന്ത്രിമാരടങ്ങുന്ന ഒരു കൗണ്‍സില്‍ ഉണ്ട്.
ഗവര്‍ണര്‍ മുഖ്യമന്ത്രിയുമായി കൂടിയാലോചിച്ചാണ് മന്ത്രിമാര്‍ക്കിടയില്‍ സര്‍ക്കാരിന്റെ ബിസിനസ്സ് അനുവദിക്കുന്നത്.
ഭരണഘടനയുടെ ആര്‍ട്ടിക്കിള്‍ 166 പ്രകാരം ഗവര്‍ണര്‍ ഉണ്ടാക്കിയ നിയമങ്ങളും അതിനനുസരിച്ച് പുറപ്പെടുവിച്ച നിര്‍ദ്ദേശങ്ങളും അനുസരിച്ചാണ് ഗവണ്‍മെന്റിന്റെ പ്രസ്തുത ബിസിനസ്സിന്റെ ഇടപാട് നിയന്ത്രിക്കുന്നത്. ഈ നിയമങ്ങളെയും നിര്‍ദ്ദേശങ്ങളെയും 'കേരള ഗവണ്‍മെന്റ് ബിസിനസ് റൂള്‍സ്' എന്നും 'കേരള ഗവണ്‍മെന്റ് സെക്രട്ടേറിയറ്റ് നിര്‍ദ്ദേശങ്ങള്‍' എന്നും വിളിക്കുന്നു.
സെക്രട്ടേറിയറ്റിലെ വിവിധ വകുപ്പുകളിലൂടെയാണ് ഗവണ്‍മെന്റിന്റെ ഇടപാടുകള്‍ നടക്കുന്നത്. അതില്‍ ധനകാര്യ, നിയമ വകുപ്പുകള്‍ ഉള്‍പ്പെടെ നിലവില്‍ 44 വകുപ്പുകള്‍ ആണ് ഉള്ളത്. ബിസിനസ്സ് ചട്ടങ്ങളിലെ ഷെഡ്യൂളില്‍ വ്യക്തമാക്കിയ രീതിയിലാണ് ഡിപ്പാര്‍ട്ട്മെന്റുകള്‍ക്കിടയില്‍ ഗവണ്‍മെന്റിന്റെ ബിസിനസ്സിന്റെ കാര്യങ്ങള്‍ നടത്തുന്നത്. സെക്രട്ടേറിയറ്റിലെ ഗവണ്‍മെന്റിന്റെ ബിസിനസ്സ് ഇടപാടുകളില്‍ പാലിക്കേണ്ട നടപടിക്രമങ്ങള്‍ 'കാര്യനിർവഹണചട്ടങ്ങൾ ', 'കേരള ഗവണ്‍മെന്റ് സെക്രട്ടേറിയറ്റ് നിര്‍ദ്ദേശങ്ങള്‍', 'കേരള സെക്രട്ടേറിയറ്റ് ഓഫീസ് മാനുവല്‍' എന്നിവയില്‍ പ്രതിപാദിച്ചിട്ടുണ്ട്.
സെക്രട്ടേറിയറ്റ് ഓഫീസ് മാനുവലില്‍ സെക്രട്ടേറിയറ്റിലെ എല്ലാ വിഭാഗം ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെയും ചുമതലകളെയും അധികാരങ്ങളെയും പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളെയും പറ്റി പ്രതിപാദിച്ചിട്ടുണ്ട്.
സെക്രട്ടറിയാണ് സെക്രട്ടേറിയറ്റിലെ ഓരോ വകുപ്പിന്റെയും ഔദ്യോഗിക തലവന്‍.അദ്ദേഹം ഗവ. സെക്രട്ടറിയാണ്, വകുപ്പിന്റെ ചുമതലയുള്ള മന്ത്രിയുടേതല്ല. തന്റെ കീഴിലുള്ള ജീവനക്കാരുടെ മേല്‍നോട്ടവും നിയന്ത്രണവും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ചുമതലയാണ്. കൂടാതെ തന്റെ വകുപ്പുമായി ബദ്ധപ്പെട്ട ഗവ. ഉത്തരവുകള്‍ വേഗത്തിലാക്കേണ്ടത് അദ്ദേഹത്തിന്റെ കടമയാണ്.
അഡീഷണല്‍ സെക്രട്ടറിയോ ജോയിന്റ് സെക്രട്ടറിയോ തനിക്ക് അനുവദിച്ചിട്ടുള്ള വിഷയങ്ങളില്‍ സെക്രട്ടറിയുടേതിന് സമാനമായ സ്ഥാനമാണ് വഹിക്കുന്നത്. സെക്രട്ടറിയെ സാധാരണയായി ഡെപ്യൂട്ടി സെക്രട്ടറിമാരും അണ്ടര്‍ സെക്രട്ടറിമാരും സഹായിക്കും.
വകുപ്പിനെ സൗകര്യപ്രദമായ രീതിയില്‍ വിഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു. ഓരോ വിഭാഗത്തിലും ഒരു സെക്ഷന്‍ ഓഫീസറും അസിസ്റ്റന്റുമാരും ഉള്‍പ്പെടുന്നു.
നയങ്ങള്‍ രൂപപ്പെടുത്തല്‍, നടപടിക്രമങ്ങളുടെ ചട്ടങ്ങളും തത്വങ്ങളും രൂപപ്പെടുത്തല്‍, സാമ്പത്തിക നിയന്ത്രണം, നിയമനിര്‍മ്മാണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍, പൊതുവായ ദിശാബോധം, പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളുടെ വിലയിരുത്തല്‍, സാമ്പത്തിക, ഭരണപരമായ അധികാരങ്ങള്‍ എന്നിവയില്‍ സെക്രട്ടേറിയറ്റ് പ്രവര്‍ത്തനം ഒതുങ്ങുന്നു.
